Изграждането на храма започва с полагането на основния камък на 2 август 1925 г.  и продължава 5 години, през които строителството се ръководи от арх. Рудолф Фишер. Църквата- костница се състои от две части – горна и долна.  На горната част има два етажа. Стените на църквата са изписани със сцени, свързани с военните светци  Св. Димитър Солунски, Св. Георги, Св. Теодор Стратилат, Св. Архангел Михаил и др. Иконите и стенописите са дело на българските художници  Димитър Гюдженов, Дечко Миндов, проф.Никола Кожухаров, проф. Георги Христов. Дърворезбата на иконостаса е изработена от Радомир Мандов, Владимир Наумов и скулптура Стефан Стоянов.  Релефът на терена позволява на архитекта да изгради от масивни камъни приземен етаж, в които се намира костницата. В храма е поставена възпоменателна плоча с надпис:  “ Построен при царуването на Негово Величество Борис ІІІ – Цар на българите”. Тържественото освещаване и откриване на новопостроената  църква-костница "Св.Троица” става на 3 август 1930  г. от негово преосвещенство Софийския митрополит Стефан в присъствието на военния министър генерал-майор Никола Бакърджиев, кмета на Кюстендил и представители на Светия синод.